Wyróżnia się trzy zasadnicze taryfy płatności w programach partnerskich: Pierwszą z nich jest Cost per click (CPC), która polega na tym, że reklamodawca ponosi koszt każdego kliknięcia, wykonanego przez internautę i jego przejście na stronę docelową, wyświetlającą reklamę. Użytkownik nie musi zawiązywać bardziej zaangażowanej akcji, jak zakup czy wypełnianie formularza. Drugą formą rozliczenia w marketingu afiliacyjnym jest Cost per lead (CPL). Jest to sytuacja, w której zleceniodawca wynagradza afilianta, zliczając internautów, którzy nie tylko weszli na stronę z reklamą, ale także uzupełniły ankietę, czy formularz, dając sprzedawcy, tym samym, podstawy do zwiększenia sprzedaży. Trzeci typ naliczania wynagrodzeń, popularny w marketingu afiliacyjnym, stanowi tzw. Cost per sale (CPS). Pod tym skrótem kryje się naliczanie prowizji dla afilianta od każdej jednostkowej sprzedaży produktu z reklamy zleceniodawcy.

Praktyka jednak pokazuje, że marketing afiliacyjny najczęściej miksuje sposoby rozliczeń. Oznacza to, że zleceniodawca ponosi koszt przekierowywania potencjalnych klientów ze strony afilianta na docelową stronę z reklamą, jak też, opłaca efekt w postaci zwiększonej sprzedaży lub mnożenia rekordów sprzedaży, tj. leadów. Inną, złożoną formą naliczania wynagrodzeń, są tzw. programy dwupoziomowe, które przywodzą na myśl działania network marketingowe, znane, choćby z działalności firmy Amway. Prowizja ma charakter dwudzielny: jest wynikiem bezpośrednich działań partnera oraz efektywnych działań, pozyskanych przez niego, nowych partnerów.