Płatności w marketingu afiliacyjnym odbywają się w kilku popularnych systemach: Pay Per Sale, gdzie prowizja partnera naliczana jest w zależności od sprzedaży, wygenerowanej dla Merchant, dzięki reklamie zamieszczonej na stronie afilianta. Nieco mniej popularna jest forma Pay Per Lead, która polega na tym, że afiliant zarabia prowizyjnie na każdej aktywności potencjalnego klienta, pozyskanej dla reklamodawcy (np. uzupełnienie formularza kontaktowego, wysłanie e-maila ze zgłoszeniem czy zapytaniem etc.). Czasami, afiliant zarabia w systemie Pay Per Click, tj. wtedy, gdy internautą kliknie w reklamę merchanta. Innym sposobem, stosowanym w marketingu afiliacyjnym, jest Pay Per Call, kiedy, zaciekawiony reklamą, potencjalny klient, zdecyduje się zadzwonić do reklamodawcy z konkretnym zapytaniem.

Partner-właściciel danej strony internetowej, odnosi korzyść, pobierając prowizje od reklamowania produktów, co pozwala mu wykorzystać pełniej potencjał leżący w prowadzonym, nawet niewielkim serwisie. Warto podkreślić, że nawet strona prowadzona hobbystycznie, może okazać się źródłem dodatkowego dochodu. Afiliant ma decyzyjność, odnośnie charakteru reklamy, musi ona współgrać z jego stroną, toteż właściciel strony partnerskiej może dokonać wyboru w zakresie, proponowanego przez reklamodawcę, anchor tekstu, czy widżetu. Z kolei reklamodawca, korzystając z dobrodziejstw marketingu afiliacyjnego, ma kolejny kanał promocji dla swojego produktu czy usługi, co pozwala na rozszerzenie kręgu ewentualnych klientów, a także- bezsprzecznie- podnosi świadomość reklamowanej marki u konsumenta- internauty.

Marketing afiliacyjny posługuje się reklama w różnych formach, wśród których królują banner i mailing, a trzonem układu partnerskiego jest skuteczność linku do witryny reklamodawcy. Zwyczajowe postępowanie obejmuje wybór serwisu afilianta, o tematyce zbliżonej do dziedziny, reprezentowanej przez reklamodawcę. I tak, np. reklamę kosmetyku znajdziemy na stronie rekomendującej produkty i publikującej ich rankingi, służące dbaniu o urodę, a z reklama ubezpieczenia spotkamy się w porównywarce cen ubezpieczeń, np. podróżnych, która „doradza” najlepsze dla nas i najbardziej ekonomiczne rozwiązanie. Klikamy, aby przeczytać więcej o najkorzystniejszym ubezpieczeniu, czy najintensywniej nawilżającym balsamie, a w rezultacie zostajemy przekierowani sklepu internetowego lub nastroję, gdzie znajdziemy formularz kontaktowy dla chcącego wykupić ubezpieczenie.